2014年6月27日，十二届全国人大常委会第九次会议表决通过关于修改《中华人民共和国军事设施保护法》的决定。修改后的军事设施保护法由原来的8章37条调整为8章53条，共修改38处，增加16条另17款。
据介绍，随着国防现代化建设和军事斗争准备深入发展，军事设施种类、数量增多，保护要求普遍提高；对外开放不断扩大，境外情报机构对我侦察 窃密活动加剧，军事设施安全保密环境日趋复杂，保护任务加重；经济建设和城市化进程加快，军事设施保护与经济社会发展在土地、空域、海域、电磁频谱等方面 需要统筹协调的问题增多，工作难度增大；一些地方政府工作人员国防观念淡薄，安排建设项目不征求军事机关意见，一些军队单位保护意识不强，工作比较被动。
为适应新的形势任务要求，提高军事设施保护法的适用性、有效性和可操作性，2006年以来，按照国务院、中央军委统一部署，解放军总参谋部 对军事设施保护法进行修改，并于2013年11月形成《中华人民共和国军事设施保护法修正案（草案）》，上报十二届全国人大常委会。2013年12月、 2014年6月，十二届全国人大常委会第六次、第九次会议对草案进行了审议修改，使草案更加成熟完善。
这次修法，坚持从国家安全和发展战略全局出发，统筹兼顾经济建设和国防建设；坚持分类保护、确保重点方针，着力解决经济社会发展中军事设施 保护存在的突出问题，增强适用性和可操作性；坚持军地共同保护的原则，科学规范政府部门和公民、军事机关和部队的责任义务；坚持法律的总体框架体系，充分 吸取行之有效的经验做法，有机衔接其他相关法律，保持法律的科学性和稳定性。
记者从解放军总参谋部军事设施保护主管部门了解到，目前有关部门已启动《中华人民共和国军事设施保护法实施办法》的修改工作，进一步细化军地协调的具体职责方法和“两区两范围”划定的程序标准等，加强宣传教育，推动贯彻落实。
强调军事设施保护与经济建设、社会发展统筹兼顾
一是在总则中增加一条指导原则，第五条明确“国家统筹兼顾经济建设、社会发展和军事设施保护，促进经济社会发展和军事设施保护相协调”。
二是细化地方经济建设兼顾军事设施保护的措施，第二十九条规定：“县级以上地方人民政府编制国民经济和社会发展规划、土地利用总体规划、城 乡规划和海洋功能区划，安排可能影响军事设施保护的建设项目，应当兼顾军事设施保护的需要，并征求有关军事机关的意见。安排建设项目或者开辟旅游景点，应 当避开军事设施”。
三是增加军队建设和保护军事设施兼顾经济社会发展的规定，第三十条明确军队编制军事设施建设规划、组织军事设施项目建设，应当考虑地方经济 建设和社会发展的需要，符合城乡规划的总体要求，涉及城乡规划的应当征求地方人民政府的意见，尽量避开地方经济建设热点区域和民用设施密集区域；第四十条 明确军事设施因军事任务调整、周边环境变化和自然损毁等原因，失去使用效能并无需恢复重建的，应当及时报批拆除或者改作民用等。
四是适当调整了因地方经济建设需要将军事设施拆除、迁建、改作民用的审批权限，由原来的报国务院、中央军委批准，调整为报国务院、中央军委批准或者报国务院、中央军委授权的机关批准。
补充完善军事设施保护的内容范围
一是将边海防管控设施和军队执行任务设置的临时设施纳入法律保护内容，在第二条军事设施类别中增加了边防海防管控设施，增加第二十八条规 定：“未经国务院和中央军事委员会批准或者国务院和中央军事委员会授权的机关批准，不得拆除、移动边防、海防管控设施，不得在边防、海防管控设施上搭建、 设置民用设施。在边防、海防管控设施周边安排建设项目，不得危害边防、海防管控设施安全和使用效能”，在第四十五条增加了相关法律责任。在第二条增加一 款，明确军事设施包括军队为执行任务必需设置的临时设施。
二是将作战工程保护范围纳入法律规定，增加第二十五条规定，没有划入军事禁区、军事管理区的作战工程外围应当划定安全保护范围，同时明确了划定的原则和程序。
三是将军用机场净空保护纳入法律规定，增加第二十六条规定：“在军用机场净空保护区域内，禁止修建超出机场净空标准的建筑物、构筑物或者其他设施，不得从事影响飞行安全和机场助航设施使用效能的活动”。在第四十三条增加对破坏军用机场净空的处罚规定。
四是将军用电磁环境保护纳入法律规定，增加第二十七条规定，在军用无线电固定设施电磁环境保护范围内，禁止建造、设置影响军用无线电固定设 施使用效能的设备和电磁障碍物体，不得从事影响军用无线电固定设施电磁环境的活动。在第四十四条、第四十六条相应增加了治安和刑事处罚规定。
五是增加武警部队和重要国防科工设施保护条款，在附则中增加第五十条、五十一条，规定“中国人民武装警察部队所属军事设施的保护，适用本法”，“国防科技工业重要武器装备的科研、生产、试验、存储等设施的保护，参照本法有关规定执行”。
细化完善军事设施保护机制和措施
一是为加强军地有关部门的工作协调，在第三条增加了“建立军地军事设施保护协调机制”的规定，要求军地相互配合，共同监督、检查军事设施的保护工作。
二是为确保军事禁区空中安全，在第十五条增加了“禁止航空器在军事禁区上空进行低空飞行”的规定。
三是明确了水域军事禁区、军事管理区的保护措施，第十六条规定：“在水域军事禁区内，禁止建造、设置非军事设施，禁止从事水产养殖、捕捞以 及其他妨碍军用舰船行动、危害军事设施安全保密和使用效能的活动”，第二十一条规定：“在水域军事管理区内，禁止从事水产养殖；未经军区级以上军事机关批 准，不得建造、设置非军事设施；从事捕捞或者其他活动，不得影响军用舰船的战备、训练、执勤等行动”。
四是为加强自身防范、强化管理职能，要求军事设施管理单位对军事设施重要部位采取安全监控和技术防范措施；除执行抢险救灾等紧急任务外不得 将军事设施用于非军事目的；及时了解掌握和处理军事设施周边建设项目情况；区分四种情况明确了军队执勤人员可以采取的强制措施。
充实完善奖励和法律责任条款
草案对法律责任条款区分治安处罚、刑事处罚、行政处分、民事赔偿等，进行了补充完善和归类调整。一是增加第七条，明确“国家对在军事设施保 护工作中做出突出贡献的组织和公民，给予表彰、奖励”。二是增加第四十八条，明确“国家机关工作人员在军事设施保护工作中玩忽职守、滥用职权，构成犯罪 的，依法追究刑事责任；尚不够刑事处罚的，给予处分”。三是增加第四十九条，明确“违反本法规定，造成军事设施损失的，依法承担赔偿责任”。
